根据常州市公共资源交易中心职责，市公共资源交易中心设9个内设机构，规格相当于副科级。
(一)办公室
负责起草综合性文件、工作计划和总结；负责内部管理制度的拟订和督促落实；负责文秘、档案、会务、保密、资产及后勤服务工作；负责党建、纪检、宣传和组织人事工作；负责开标评标区场所统一管理。
(二)计划财务处
负责编制年度经费预决算、经费开支使用计划及申报工作负责各项费用的统计、分析，年度财务报表上报；负责财务档案资料的收集、整理和归档；负责交易保证金收退和交易服务费收取。
(三)工程交易一处
具体负责房屋建筑、市政基础设施、EPC(一体化)项目、交通、水利等建设类公开招标项目的交易。
(四)工程交易二处
具体负责PPP(公私合作)项目、轨道交通等公开招标项目及其他邀请招标、直接发包项目的交易。
工程交易一处、二处的共同职责：负责工程项目注册登记、公告、招标文件等相关流程的核验发布，为开标、评标、定标等交易活动提供全过程服务，见证交易过程，维护交易现场秩序；协助做好发包方案、招标公告、招标文件、施工合同等备案工作；协助做好中介服务机构、专家评委、各类保证金等管理工作；协助处理工程交易过程中的质疑、投诉和各类违法违规行为；协助制定招投标政策，提供相关业务技术咨询；负责工程建设项目招投标资料的收集、整理、统计、归档。
(五)政府采购一处
负责受理集中采购项目的委托；负责与采购人签订委托协议，确定采购方式，编制采购文件，发布采购公告；负责采购项目答疑，提供相关业务技术咨询，处理答复供应商的询问，协助处理相关投诉和举报事项；负责政府采购会员供应商注册登记入库以及政府采购网相关信息工作。
(六)政府采购二处
负责复核采购文件及相关信息；组织开标、评标活动，维护采购活动秩序；办理采购过程中的采购方式变更手续并报送审批；对中标(成交)结果进行公告公示，协助处理相关投诉和举报事项；督促采购人与中标人签订合同并审核见证；协助对实物配发和协议定点项目供应商管理；负责采购项目业务资料的收集、整理和归档。
(七)土地和矿业权交易处
负责国有土地使用权招标、拍卖、挂牌交易和全市矿业权交易事务性工作；负责对交易各方和中介机构进场交易资格的核验；处理相关咨询和答疑工作；负责相关交易资料的收集、整理、统计和归档。
(八)产权交易处
负责机关事业单位和社会团体的物权、债权、知识产权和股权的转让；负责企业的国有(集体)物权、债权、知识产权和股权转让、企业增资及资产转让；承担机关事业单位资产处置；承担行政执法部门的罚没、抵债(税)资产的处置；组织政府及所属单位授权的公共资源管理部门拥有、控制或掌握的经营性、垄断性或特许经营性资源的交易；负责相关交易资料的收集、整理、统计和归档。
(九)监督与信息处
负责公共资源交易项目统一受理登记；负责招标代理、承包商、供应商、评标专家库等信息库的录入、更新及抽取工作；负责各类交易业务政策规定的研究和制定；协助有关部门对招标代理机构、评标专家及其他交易主体培训、考核工作；负责诚信档案、交易活动现场管理；负责核发中标通知书，负责交易业务综合统计，协助档案管理；牵头协调投诉处理。
负责公共资源电子交易服务系统的设计和开发，公共资源交易中心计算机机房、内外网络系统、交易平台、办公自动化、监控系统及电子办公设备等的日常管理和运行维护；负责电子交易资料(含监控声像)的采集、刻录、保存和归档；协调安排远程评标。